Iedere organisatie, hoe klein ook, moet overleggen, afstemmen en besluiten nemen op een manier die gedragen wordt. Amnesty Leiden heeft een klein bestuur, kerngroep genoemd.
De kerngroep bestaat uit de voorzitter, de secretaris, de penningmeester en een vertegenwoordiger van een van de subgroepen, d.w.z de actieve vrijwilligers. De kerngroep bewaakt de algemene gang van zaken in de werkgroep en zorgt voor coördinatie en continuïteit.
Tot en met 2011 werden voorzitter en penningmeester gekozen uit de al actieve vrijwilligers.
Af en toe komt de functie van secretaris of penningmeester vrij. Ook het voorzitterschap wisselt om de paar jaren. Voor deze laatste functie zoeken we eerst intern kandidaten, de secretaris wordt vaak 'extern' geworven, onder andere bij iDOE.